Je réponds à moi-même : après sauvegarde du serveur, j'ai relancé le setup. Tout s'est bien passé, je n'ai rien eu à modifier ou remettre les anciens fichiers de configuration Apache.
Merci à moi-même ;)
EDIT : Ah si, même si cela fonctionnait, j'ai du reprendre des données des fichiers de configuration Apache entre autres.